MEGAMAN X5: Durante el Incidente Nightmare (Pesadilla) en Megaman X5, X aún sufre por la pérdida de su compañero, sin saber que Zero aún sigue con vida. Zero Nightmare - un clon de Zero de color púrpura creado por un investigador Reploide infectado llamado Gate (quien solía ser colega de Alia) - se dedica a manchar el nombre de Zero, pero es destruido por X. Al hacer esto, el verdadero Zero aparece y vuelve a unir fuerzas con X para terminar con la amenaza. Juntos, juran derrotar las fuentes del Virus Pesadilla, y lo logran con ayuda de Alia. Finalmente, se enfrentan a Gate, y al derrotarlo, descubren que Sigma era quien lo estaba manipulando todo el tiempo, y rápidamente se deshace del científico, diciendo que ya no lo necesita. X se aprovecha de que Sigma no se ha recuperado del todo de su última batalla, y lo derrota nuevamente. Mientras Sigma lo maldice y jura que volverá, X responde que tiene cosas más importantes que hacer, como reconstruir la Tierra, y que si Sigma regresa otra vez, lo vencerá, no importa cuantas veces tenga que hacerlo. Aquí el final difiere. Si se venció a Sigma con X, entonces tras la batalla, X salva los restos de Gate para que Alia los repare, ya que sabe lo que se siente perder a un compañero y no quiere que más Reploides inocentes mueran. Alia le da las gracias, y juran reconstruir la Tierra juntos. Si se destruye a Sigma con Zero, se verá una escena dónde Zero decide sellar su cuerpo para eliminar todo el Virus Maverick, con ayuda de un científico misterioso. Esta escena es sirve de entrada a la saga Megaman Zero.El Primero se considera el canonico.