Mega Man X4:

Inicia con una alerta de un Reploide gigante. El jugador puede elegir si usa a X o a Zero. Al derrotar al Maverick, aparece el Coronel de la revuelta armada por Sigma. Este le pide a Zero que cuide a su hermana Iris, quien es muy querida por Zero. X llegando a la base de los Maverick Hunters, encuentra un sujeto llamado Double, quien le avisa sobre 4 Mavericks y 4 Reploids. Iris avisa lo mismo a Zero. Tras derrotarlos, el Coronel se encuentra en un aeropuerto, pero se niega a decir en qué nave va Sigma. Al derrotarlo, habla, pero la nave ya se ha ido. Al llegar Zero a la base, no encuentra a Iris, y le informan que se fue con Sigma.

Al ir X y Zero a la nave de Sigma, X encuentra a Double y lucha con él, Zero encuentra a Iris, que lo quiere destruir por matar a su hermano. Tras destruir a Iris y Double, llega el General, quien había sido sobornado por Sigma para que luchara con los Maverick Hunters. Luego en la nave de Sigma están de nuevo los 8 reploides que estaban en la Tierra. Cada uno se encuentra en un teletransportador, y al destruirlos, se desbloquea uno de diferente color, y ahí está Sigma, quien cuenta con 4 formas. La nave iba a destruir la Tierra, pero el General, ya que no esta Sigma, confiesa que había sido sobornado, y se sacrifica para salvar la Tierra.