MEGAMAN X2: Mega Man X2 continua desde el final de Mega Man X, mientras los Hunters, ahora liderados por X, rastrean a los últimos seguidores de Sigma hacia una antigua fábrica de reploides, donde esperan eliminar la última resistencia. Los X-Hunters, un grupo de Mavericks que quieren acabar con X, se roban las partes del cuerpo de Zero, esperando usarlas para atraer a X hacia su destrucción. X finalmente derrota a los X-Hunters y recobra las partes de Zero, descubriendo que Sigma estaba detrás de todo en el proceso. Al llegar con Sigma, este le presenta a una copia de Zero construida a partir de las partes robadas, pero el verdadero Zero aparece para encargarse de él. (el jugador puede optar por ignorar a los X-Hunters; en este caso, Zero, quien ha sufrido un lavado de cerebro se enfrenta a X, pero al ser vencido recobra el sentido. Este final no es considerado canónico, ya que no se refleja en los juegos posteriores) X se enfrenta y vence a Sigma una vez más, mientras que Zero destruye la computadora central de Sigma.