MEGAMAN X3: Mega Man X3 revela que hubo un período de paz luego de que un Reploide cíentífico llamado Dr. Doppler creó una supuesta cura para el Virus Maverick. Esta cura resulta ser simplemente un placebo poco efectivo, sin embargo, y pronto los Maverick Hunters se enfrentan a un sorpresivo levantamiento masivo de Mavericks. X y Zero salen a investigar qué está ocurriendo, pero a las pocas horas se ven forzados a regresar al cuartel general al recibir una llamada de alerta. Al adentrarse, X es capturado por Mac, un Maverick Hunter que se ha unido al ejército de Doppler, pero es rescatado por Zero. Los dos Hunters finalmente llegan ante Doppler y después de vencerlo, descubren que el virus y Sigma son uno solo, lo que explica el por qué Sigma revive una y otra vez. X destruye el nuevo cuerpo de Sigma, quien (ahora en forma de virus) negándose a caer toma la decisión de posesionar el cuerpo de X. Cuando ya lo tiene acorralado, Zero llega y usando el antivirus que le dio Doppler con su sable lo detiene, dándoles a él y X tiempo para escapar (Alternativamente, si Zero fue eliminado en este punto, el propio Doppler usará el antivirus, y se sacrificará para destruir a Sigma con él). Al final se revela que X aún no lo sabe, pero que finalmente, para salvar a la raza humana deberá acabar con Zero. Esto fue debido a un error de traducción, ya que en la versión japonesa simplemente dice que está destinado a pelear contra Zero, batalla que tomaría lugar finalmente en Megaman X5.