MEGAMAN X COMMAND MISSION: La historia se desarrolla en el año 22XX Epsilón, el comandante de la rebelión, pretende hacerse con el poder haciendo uso de los ForceMetal (metales raros hallados en los meteoritos que fortalecen a los reploides). Para detener a los rebeldes X y Zero son enviados a la zona de acción por el comandante Redips, con las órdenes expresas de detener a Epsilon y tomar los ForceMetal que ahora tiene en su poder para evitar la catástrofe. X, Zero y su compañero de turno, Shadow, se dirigen hacia GiGa City para detener a la rebelión pero en medio de la misión son traicionados por Shadow quien en realidad pertenecía al equipo de Epsilon, son emboscados y Zero queda inconsciente mientras X sin mayor alternativa salta desde el edificio y al caer también pierde la conciencia. Cuando X despierta se encuentra en la base de "La Resistencia", el grupo de reploides que intenta batallar contra los rebeldes, ellos lo curan y él decide unirse a su pequeña armada y terminar con la misión principal. En la base de La Resistencia X conoce al líder, el jefe R. Así empieza su combate contra los Mavericks de Epsilon y va conociendo a sus nuevos aliados, re-encuentra a sus dos viejos amigos, Axl y Zero, finalmente el equipo quedará conformado por 6 personajes. Durante la historia su compañero Axl va a Giga City porque escucha que puede encontrar alguna información sobre su habilidad de camaleón, mientras Zero viaja solo se reencuentra con X al final de una misión, Zero al comienzo rehúsa a unirse con X porque siente desconfianza ya que Shadow los traiciono al comienzo de la misión en Giga City, después Zero se une a la guerra con X cuando Spider (que eventualmente era Redips) se sacrifica y se revela que Redips es un reploide de nueva generación y trata de controlar el universo porque siente que los reploides son superiores a los humanos y del no se podría decir que es un Marverick ya que en Megaman X 8 dicen que los reploides de nueva generación pueden decidir si son Marvericks o no aunque tienen la Información de Sigma y toda esa generación fue considerada como un error y ya que Axl era el prototipo no tuvo el problema del resto.