Mega Man X X, sintiéndose culpable ya que él tomó parte en la creación de los Reploides, e indirectamente en el surgimiento de los Mavericks, se unió a los Maverick Hunters para combatirlos. A causa de sus conflictos internos, X no era capaz de usar todo su potencial, por lo que Zero tuvo que salvarle la vida en dos ocasiones. Hacia el final, X y Zero combaten contra Vile, y en el transcurso de la pelea, Zero se sacrifica para que X pueda derrotarlo. X finalmente llega ante Sigma y consigue vencerlo. Pero al hacerlo, comienza a preguntarse, ¿por qué eligió pelear? (¿y porque no?).